Распространённая проблема: CKEditor удаляет HTML-разметку при вставке Bootstrap-сеток или других HTML-компонентов на страницу. По умолчанию редактор слишком агрессивно фильтрует содержимое.
Решение
Перейдите в настройки редактора Full HTML по адресу admin/config/content/ckeditor/edit/Full и добавьте следующую строку в поле JavaScript-конфигурации:
config.allowedContent = true;
После этого изменения CKEditor перестанет удалять намеренно добавленный вами код. Одна строка конфигурации полностью решает проблему нежелательной фильтрации содержимого.